主营业务不一样：
代理记账公司：主要从事代理记账，不能从事审计业务
会计师事务所：主要从事审计业务，可以兼营代理记账
对你的问题来说的关键应该性价比了，个人认为你公司找代理记账公司应该收费少并且能胜任你公司的代理记账工作；而会计师事务所可以胜任你公司的代理记账工作但收费会要高很多，没有必要了。